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蛋白质结构 蛋白质结构 文件格式 一 介绍 1  编写该文档的目的 2  在版本2.1中有什么新的内容 3  在版本 2.0中有什么新的内容 4  在1996年10月25日PDB文件格式2.0所做的改动 5  PDB格式和内容向导的改动 6  格式描述的基本概念 7  数据格式 8  记录类型 9  记录的表示 10  对数据类型的说明 二 标题部分 1:HEADER(分子类，公布日期、ID号) 2  OBSLTE (注明此ID号已改为新号) 3  TITLE(说明实验方法类型) 4  CAVEAT(可能的错误提示) 5  COMPND(化合物分子组成) 6  SOURCE(化合物来源) 7  KEYWDS(关键词) 8  EXPDTA(测定结构所用的实验方法) 9  AUTHOR(结构测定者) 10 REVDAT(修订日期及相关内容) 11 SPRSDE(已撤销或更改的相关记录) 12 JRNL(发表坐标集的文献) 13 REMARK REMARK 1(有关文献) REMARK 2(最大分辨率) REMARK 3(用到的程序和统计方法) REMARK 4-999 三 一级结构   1  DBREF (其他序列库的有关记录)   2  SEQADV ( PDB与其他记录的出入)   3  SEQRES (残基序列)   4  MODRES (对标准残基的修饰) 四 杂因子   1  HET(非标准残基)   2  HETNAM(非标准残基的名称)   3  HETSNY (非标准残基的同义字)   4  FORMOL（非标准残基的化学式） 五 二级结构   1  HELIX(螺旋)   2  SHEET(折叠片)   3  TURN(转角) 六 连接注释   1  SSBOND(二硫键)   2  LINK(残基间化学键)   3  HYDBND(氢键)   4  SLTBRG(盐桥)   5  CISPEP(顺式残基) 七 晶胞特征及坐标变换   1  CRYST1(晶胞参数)   2  ORIGXn(直角－PDB坐标)   3  SCALEn(直角－部分结晶学坐标)   4  MTRIXn(非晶相对称)   5  TVECT(转换因子) 八 坐标部分   1  MODEL(多亚基时示亚基号)   2  ATOM(标准基团的原子坐标)   3  SIGATM(标准差)   4  ANISOU(温度因子)   5  SIGUIJ(各种温度因素导致的标准差)   6  TER(链末端)   7  HETATM(非标准基团原子坐标)   8  ENDMDL(亚基结束) 九 连通性部分    CONECT(原子间的连通性有关记录) 十 簿记   1  MASTER (版权拥有者)   2  END(文件结束)

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修改日期:  2008年5月3日